?

Log in

No account? Create an account
Прошел генетическое тестирование - Кирилл В
Октябрь 3, 2014
07:01 pm

[Ссылка]

Previous Entry Поделиться Next Entry
Прошел генетическое тестирование
Наконец-то решил пройти генетический тест -- типа, "все побежали, и я побежал". Заказал кит у 23andme, со стоицизмом приняв тот факт, что через 5-10 лет гугл начнет мне впаривать рекламу на основании кусков моего ДНК. Если кто не в курсе -- основателем этой компании является жена Сергея Брина. Поплевал в присланную колбочку, отослал результаты назад. И вот, недавно они прислали мне результаты анализа.

Под катом -- чуть-чуть теории, мои результаты (генеалогия + немного медицины), ну и описана пара сервисов окромя 23andme, которыми можно воспользоваться для анализа своего ДНК.



Тестируют конечно не весь геном (это стоило бы несколько тысяч долларов). ДНК людей на 99% одинаково, так что дабы понять чем индивид отличается от других от других можно тестировать только те места где геном разный, так называемые однонуклеотидные полиморфизмы (SNP, снипы) -- отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C). В силу этого, тестирование обходится куда дешевле чем секвенирование полного генома -- я заплатитил только сто долларов.

23andme.com

Итак, результаты. Начнем с того 2.2% моих генов являются неандертальскими: геном неандертальца известен по анализу найденных костей, например образцов Vi33.16, Vi33.25, Vi33.26 из пещеры в Хорватии. Средняя доля неандертальских генов у пользователей 23andme -- 2.7%, так что я на самом деле куда менее неандертал, чем средний гомо сапиенс, хехе. Самый меньший процент неандертальских генов, кстати, у африканцев -- например у среднего нигерийца их всего 0.3%. Тут подробнее: Neanderthal Ancestry Estimator.

Теперь галогруппы. У мужчин смотрят на митохондриальную ДНК (та наследуется от матери), и генетические маркеры Y-хромосомы (те наследуются от отца). У меня, соответственно, они таковы: H16 и I1. Забавный факт -- все мужчины имеющие галогруппу I1 являются потомками одного-единственного индивида, скорее всего жившего в районе 8-10 тысяч лет назад в районе Скандинавии. Молодец, мужик!

Идем дальше. Национальный состав. Тут уже все куда менее однозначно, в силу наличия многих неизвестных факторов, и зачаточного состояния этой области в целом. Важный момент -- национальности тут являются тем, чем они были примерно 500 лет назад, когда путешествия на далекие расстояния и смешивание было очень редким. 23andme выдает три уровня результатов: консервативный, стандартный, и спекулятивный. Вот мой спекулятивный результат:



В целом интересно. Финнов/скандинавов (т.е. в моем случае Коми) оказалось поменьше, чем я ожидал -- я думал будет не 20%, а где-то 30-35. Полпроцента монгола это уже на грани погрешности.

Еще там можно поиграться с картой человеческих миграций (зеленая метка -- это мои гены), и т.п.



Другая интересная тулза, от которой на деле куда больше толку чем от сфероконической национальности -- сравнение моего генетического профиля с профилями других пользователей. Вот, к примеру, список стран жители которых имеют совпадающие с моими сегментами генома куски ДНК (процент -- это % совпадения в моем геноме)

Russia
1.4%
Finland
1.3%
Ukraine
0.4%
Poland
0.4%
Sweden
0.3%
Lithuania
0.2%
Hungary
0.2%
Peru
0.1%


Не ожидал увидеть, что какого-то моего родича занесло в Перу.

А вот еще интереснее. Карта, которая показывает моих ближайших родственников (в США их так много просто потому, что 23andme тут куда популярней).



В частности, нашлась пара человек которые являются моими третьеюродными/четвероюродными кузенами (хотя на деле степень родства может быть и меньшей). Всего у меня в базе данных 23andme 788 кузенов, включая самых дальних. Можно послать людям сообщение, попробовать познакомиться и найти общих родственников.

gedmatch.com

Это сайт, позволяющий анализировать свою генеалогическую информацию более детально. По сути opensource проект, которые делается волонтерами. В силу этого интерфейс там вырвиглазный, назначение разных тулзов на первый взгляд неясно, а руководства пользователя нет от слова совсем. Однако поиграться можно, и даже нужно. Итак, сначала туда надо загрузить файл с кусками вашего генетического кода -- скачать с 23andme его можно без всяких проблем.

Для генеалогии европейцу лучше всего использовать Eurogenes Admixture (heritage) калькулятор. Важное предупреждение -- почти все данные для калькуляторов Eurogenes взяты из десятков научных исследований за последние двадцать лет или около того, которые делались в медицинских целях (в основном для отслеживания той или иной болезни среди конкретной субпопуляции). Недавно кому-то пришла в голову прекрасная идея, что эти же данные можно использовать для отслеживания семейной родословной. Однако первоначальные исследования базировались на конкретных и относительно небольших выборках. Так что у каждого калькулятора есть весьма сильные перекосы, и использовать их надо только в качестве оценки -- слепо верить в те или иные проценты я бы не советовал.

Любопытными мне показались результаты Eurogenes Hunter_Gatherer vs. Farmer Admixture Proportions, из которых следует что я -- гордый наследник балтийских доисторических охотников и собирателей. Что, впрочем, и ожидалось.



Проверил наличие евреев в роду с помощью Jtest Admixture Proportions -- 0.3 процента ашкенази это статистически незначимо, особенно с учетом упомянутой мною выше точности калькулятора. Так что евреев в роду у меня скорее всего нет, несмотря на подозрения моей мамы насчет её киевского дедушки.

SOUTH_BALTIC 24.90%
EAST_EURO 27.13%
NORTH-CENTRAL_EURO 16.52%
ATLANTIC 11.54%
WEST_MED 5.24%
ASHKENAZI 0.31%
EAST_MED 1.45%
WEST_ASIAN 3.15%
MIDDLE_EASTERN -
SOUTH_ASIAN 2.88%
EAST_AFRICAN -
EAST_ASIAN 0.39%
SIBERIAN 6.42%
WEST_AFRICAN 0.07%


Результаты теста Eurogenes K36 Admixture Proportions мне показались любопытными, ибо сделана попытка разделить восточно-европейцев: Eastern_Euro тут это русские и мордва, East_Central_Euro -- украинцы, белорусы, литовцы и по-моему еще поляки.



Есть и другой любопытный инструментарий, например Oracles, которые дают примерную "близость" к тем или иным популяциям. Есть даже тулза, предугадывающая цвет глаз по генам (мой слегка не угадала, но в целом получилось близко). И там также можно искать родственников, причем инструментарий сравнения хромосом и прочего куда лучше, чем на 23andme. Но не забываем что инструментарий плохо документированный и вырвиглазный.

В общем рекомендую. Краткую презентацию на тему пользования сайтом можно глянуть тут, ну и на самом сайте есть FAQ и форум.

promethease.com

Вплоть до недавнего времени 23andme позиционировал себя в первую очередь как поставщик медицинской информации, а не как инструмент генеалогии. Но в конце прошлого года FDA эту лафу решительным образом прикрыло. Причем, судя по тому что я читал 23andme начали было процесс сертификации, а потом на полпути по какой-то причине послали федералов нафиг.

Но против лома нет приема -- можно анализировать медицинскую информацию у сторонних сервисов, пусть результаты получились менее внятные чем были бы у 23andme. Метод тот же -- грузим с 23andme ДНК, и загружаем данные например на этот вот сайт, созданный создателями SNPedia. Цена вопроса -- пять долларов. В отчете дается ворох всяких разных снипов (тех самых однонуклеотидных полиморфизмов), с описанием возможных медицинских проблем. Информация там подается вот так:



Т.е. тупо приходится скроллить все снипы, читая риск или бенефит связанный с каждым из них. Это конечно утомляет, и мешает осознать полную картину. Например нашел я снип rs9272346(A;A), который повышает вероятность диабета первого типа в восемнадцать с половиной раз, и думаю "@#%$@". А через пару десятков снипов попадается rs9273363(C;C), который снижает вероятность диабета первого типа в семь раз. Вроде и опять нормально :)

Но в целом -- похоже, что у меня высок риск ожирения и диабетов обоих типов, а также повышенный риск определенных видов рака (хорошо, что я не курю).

Прикололо, что имеющийся у меня снип rs9939609(A;A), повышающий вероятность ожирения и диабета, ассоциирован с любовно названным "геном жирноты", ака "fat gene". Они бы его еще назвали "ген жирной и никому не нужной свиньи". Еще из интересного -- у меня есть снип rs2180439(C;T) делающий более вероятным облысение (блин); снип rs4680(G;G), снижающий болевой порог, повышающий устойчивость к стрессу и магическим образом позволяющий делать из винтовки sub-MOA группы (так называемый "снип воина"), а также снип rs53576(A;G) коррелирующий с меньшим уровнем эмпатии и трудностью в распознавании эмоционального состояния других. Так что в следующий раз когда я накосячу, так жене и скажу -- дорогая, я не виноват, дело в этом гадском rs53576(A;G) :)))


В общем вещь стоящая, ибо такого рода информация весьма ценна. Я теперь загорелся идеей купить такой тест матушке, в подарок на день рождения.

Tags:

(58 комментариев | Оставить комментарий)

Comments
 
From:snegurbuber21
Date:Октябрь 4, 2014 06:14 am
(Link)
ага
[User Picture]
From:yyamaa
Date:Октябрь 4, 2014 04:03 am
(Link)
насчет последнего rs4680 - я бы не радовался на счет "устойчивости к стрессу" - это скорее всего толерантность к катехоламинам и вероятность аденомы надпочечников. был случай проверить несколько совпадений. зато про таких говорят "человек-лев" (и про горящую избу, лошадь и пр.) - правда вероятны проблемки со зранием (ретинопатия) и периферическими сосудами - рекомендую периодически пить ангеопротекторы.
[User Picture]
From:vakhnenko
Date:Октябрь 4, 2014 09:16 am
(Link)
Да я не радусь на деле, там ведь "modest reduction in executive cognition performance under most conditions".

За совет спасибо. Вообще надо обдумать нужны ли мне изменения в привычках (сладкого точно стоит начать меньше жрать).
[User Picture]
From:nilsky_nikolay
Date:Октябрь 4, 2014 04:47 am
(Link)
Забавно.
А сколько стоит сие удовольствие?
[User Picture]
From:vakhnenko
Date:Октябрь 4, 2014 09:17 am
(Link)
Где как. В 23andme -- сто долларов, плюс пять отдал за медицинский анализ на promethease.com
[User Picture]
From:shadow_of_raven
Date:Октябрь 4, 2014 06:12 am
(Link)
Круто, очень интересно! Надо будет попробовать 8)))
[User Picture]
From:vakhnenko
Date:Октябрь 4, 2014 09:26 am
(Link)
Я сам очень долго собирался, но вот наконец собрался :) Сто долларов мне не жалко, а то что мои снипы будут у гугла (и может со временем утекут каким-то хакерам) -- и хрен с ним.
From:hillm
Date:Октябрь 4, 2014 06:12 am
(Link)
"являются потомками одного-единственного индивида, скорее всего жившего в районе 8-10 тысяч лет назад в районе Скандинавии"
ну скоооока моооожно...
у каждого гуманоида есть 2 родителя, и у каждого из них есть 2 родителя. Т.е. количество предков - два в степени поколений. Возьмите калькулятор и сосчитайте кол-во кол-во людей бывших вашими предками 10 000 лет назад. Даже если они там баловались инцестами.
Вы, как и любой человек, - потомок дикого кол-ва индивидов, живших хрен знает 10 000 лет назад.

Блоххеры, как обычно, не утруждают себя арифметикой и потому процветает, как тут написали, высокотехнологичное разводилово буратин.
[User Picture]
From:g0to
Date:Октябрь 4, 2014 06:34 am
(Link)
Комментаторы, как обычно, не утруждают себя включать голову.
Один намек: как строится генеалогическое древо и почему в его вершине всегда 1-2 человека?
[User Picture]
From:silentpom
Date:Октябрь 4, 2014 08:39 am
(Link)
речь идет сугубо о прямых потомках по мужской линии. их контекста это ясно
[User Picture]
From:silentpom
Date:Октябрь 4, 2014 08:38 am
(Link)
вы бы еще I1 посниповали подальше, там было бы уже много интересного. или гаплотип в 100 с хвостиком маркеров.
[User Picture]
From:vakhnenko
Date:Октябрь 4, 2014 09:25 am
(Link)
Подробнее можно, если не затруднит?
From:gloomygonzales
Date:Октябрь 4, 2014 11:04 am
(Link)
Для этого ему надо было тестироваться в FTDNA. 23andme информацию по маркерам не дает, а информация по гаплотипу обычно на уровне гаплогруппы, кроме субкладов R1b, которые определяют чуть глубже.
[User Picture]
From:biznesbrand
Date:Октябрь 4, 2014 09:14 am
(Link)
Собакам до недавнего времени делали в Америке тест на заболевание, результатом которого было всегда probably, то есть Вы сделали тест и ваша собака ВОЗМОЖНО ЗДОРОВА / ВОЗМОЖНО БОЛЬНА / ВОЗМОЖНО НОСИТЕЛЬ. то есть делали или не делали Вы тест, результат всегда был не точным, вот это было разводилово, причем тест стоил 50 баксов
вот это слив денег в унитаз
НО со временем видимо база геномов накопилась достаточно для уточнения анализа до просто ЗДОРОВА / БОЛЬНА / НОСИТЕЛЬ, всем уважаемые американские коллеги по запросу сделали уточняющие тесты на основе сохраненных образцов слюны, те, чьи образцы не сохранились, заплатили лишь за повторную транспортировку
так что товарищи скептики, всегда стОит заниматься благотворительностью во имя науки
[User Picture]
From:vakhnenko
Date:Октябрь 4, 2014 09:30 am
(Link)
> Вы сделали тест и ваша собака ВОЗМОЖНО ЗДОРОВА / ВОЗМОЖНО БОЛЬНА / ВОЗМОЖНО НОСИТЕЛЬ

Гм. Можно конкретнее про тест? Какой у него был positive predictive value (т.е. кол-во правдиво-положительных результатов разделенное на общее количество тестов), и negative predictive value? Я сомневаюсь что они прям-таки оба были в районе 50%.
[User Picture]
From:deadmadcat
Date:Октябрь 5, 2014 08:39 am
(Link)
Ого. Не знала, что такие вещи уже поставлены на коммерческую основу и делаются в массовом порядке.
[User Picture]
From:ipdipd
Date:Октябрь 5, 2014 03:16 pm
(Link)
сделал этот тест примерно полтора года назад, много интересного вычитал тогда, хотя далеко не во всем разобрался
[User Picture]
From:livejournal
Date:Апрель 14, 2015 05:02 pm

Готовлюсь к ДР

(Link)
User necroleek referenced to your post from Готовлюсь к ДР saying: [...] или тут [...]
From:(Anonymous)
Date:Сентябрь 25, 2016 01:11 am

Знакомства на Loveawake.Ru

(Link)
Знакомства на Loveawake.Ru
[url=http://m.loveawake.ru]секс!..[/url]
From:(Anonymous)
Date:Апрель 11, 2017 10:16 pm

Студентки

(Link)
Привет!
Мы коллектив студенток города Москва, продаем наши обнаженные фото 1шт-15р.
Первые 3 фото с твоим именем бесплатно
Сразу после опроса-регистрации можно выбрать свой институт
с нами 967 девушек :)
[url=http://datingsex.ga]datingsex.ga[/url]
From:(Anonymous)
Date:Апрель 21, 2017 02:29 am

eroforce.hceap.info

(Link)
Уже 2 года на европейском рынке присутствует чудо-препарат для восстановления потенции Eroforce. По эффективности он в Eroforce по 1 рублю http://shakespoint.com/az1b/
From:(Anonymous)
Date:Июль 24, 2017 05:09 pm

против грибка

(Link)
[b]Перейти на сайт:[/b] http://tinedol.bxox.info/

[b]Тинедол[/b] – эффективное средство от грибка стопы,
неприятного запаха и зуда
нейтрализует неприятные запахи
борется с грибком стопы
устраняет зуд между пальцев
предотвращает микоз ногтей
убирает шелушение
Климбазол
эффективно борется с грибком

[b]Фарнезол[/b]
быстро устраняет неприятные запахи

[b]Эфирное масло мяты[/b]
комфртно охлаждает стопу, придает приятный аромат

[b]Витамин E[/b]
смягчает кожу, устраняет шелушение

Быстрый эффект, постоянный результат!

[b]Тинедол[/b] – это уникальная запатентованная формула,
которая борется с грибком стопы,
неприятным запахом и зудом.

Комплекс смягчающих компонентов
создает невидимую защиту,
препятствуя образованию трещин,
что не оставляет грибкам
ни единого шанса поселиться на коже.

Благодаря наличию активных
натуральных ингредиентов Климбазола и Фарнезола
Тинедол эффективен в борьбе
с микозами стоп и ногтей различной этиологии.

[b]Эфирное масло Мяты Перечной[/b]
подарит прохладу и устранит неприятные запахи
после напряженного трудового дня
From:(Anonymous)
Date:Июль 25, 2017 05:26 pm

тинедол аналог

(Link)
[b]Перейти на сайт:[/b] http://tinedol.bxox.info/

[b]Тинедол[/b] – эффективное средство от грибка стопы,
неприятного запаха и зуда
нейтрализует неприятные запахи
борется с грибком стопы
устраняет зуд между пальцев
предотвращает микоз ногтей
убирает шелушение
Климбазол
эффективно борется с грибком

[b]Фарнезол[/b]
быстро устраняет неприятные запахи

[b]Эфирное масло мяты[/b]
комфртно охлаждает стопу, придает приятный аромат

[b]Витамин E[/b]
смягчает кожу, устраняет шелушение

Быстрый эффект, постоянный результат!

[b]Тинедол[/b] – это уникальная запатентованная формула,
которая борется с грибком стопы,
неприятным запахом и зудом.

Комплекс смягчающих компонентов
создает невидимую защиту,
препятствуя образованию трещин,
что не оставляет грибкам
ни единого шанса поселиться на коже.

Благодаря наличию активных
натуральных ингредиентов Климбазола и Фарнезола
Тинедол эффективен в борьбе
с микозами стоп и ногтей различной этиологии.

[b]Эфирное масло Мяты Перечной[/b]
подарит прохладу и устранит неприятные запахи
после напряженного трудового дня
Разработано LiveJournal.com